藻井最早可追溯到北魏時期(公元前386-534)的云岡石窟、龍門石窟頂部的石雕蓮花。在古人穴居時，頂上開洞以納光、通光、上下出入，《禮記.禮運》記載：“昔者先王未有宮室，冬則居營窟，夏則居巢。”其外形像個凹進的井，“井”加上藻文飾樣，所以稱為藻井。

中國古代建筑以木結構建筑為主，防火成為頭等大事。據《風俗通》記載：“今殿作天井。井者，東井之像也。菱，水中之物。皆所以厭火也。”東井即井宿，二十八宿中的一宿，古人認為是主水的，在殿堂、樓閣最高處作井，同時裝飾以荷、菱、蓮等藻類水生植物，都是希望能借以壓伏火魔的作祟。魏晉南北朝時期隨著佛教的傳入，藻井上出現了一些具有西域特色或者佛教風格的新紋飾，穹頂上的符號表現出述說著不同時代的宗教文化。