佛教文化是日本文化的一個重要的組成部分，對日本的文學、音樂、美術和日常生活都有著重要的影響。日本著名的寺院主要集中在日本的三大古都京都、奈良和鐮倉。

京都地區著名寺院

　　金閣寺

　　正式的名稱是鹿苑寺，位于北區，是京都北山文化的中心。作為該寺舍利殿的金閣，二、三層貼滿了金箔，因此顯得金碧輝煌。金閣寺住宅式的建筑，配以佛堂式的造型，和諧幽雅。是庭院建筑的杰作，表現了足利義滿吸收各種文化的格調與品位。寺中的池泉回游式庭園也頗引人注目。

　　大德寺

　　位于北區，始建于1351年，曾一度成為日本佛教五山之首,是洛北最大的寺院，也是禪宗文化中心之一，其中尤以茶道文化而聞名。著名的一休大師（聰明的一休）曾任主持。大德寺內尚有大仙院、養源院、瑞峰院和高桐院四個寺院散在其間。其中大仙院的庭院是江戶初期枯山水庭園的代表作，景致優雅。

　　三千院

　　位于左京區，是一座建在高地上的天臺宗寺院，極樂院中安置的三尊阿彌陀佛像，非常有名。寺院內古樹參天，青苔遍地，溪水潺潺，4月櫻花、5月杜鵑花、7月紫陽花、秋季紅葉，一年四季自然景致令人賞心悅目。

　　寂光寺

　　位于左京區，據傳是由圣德太子于594年創建的天臺宗尼庵。平家滅亡后，安德天皇的母親建禮門院即由此寺出家為尼。本堂中有一尊高達2米多的地藏像。寂光院最為著名是院內的日本庭園。與其它庭園相比，寂光院的庭園更顯精巧別致，雅趣昂然。由環游式庭園的正面的任何位置均可觀賞到三層瀑布的精彩水景。

　　清水寺

　　位于東山區，始建于798年，是京都最古老的寺院，清水寺的山號為音羽山，主要供奉千手觀音,此寺為法相宗的總本山。本堂前懸空的清水舞臺是日本國寶級文物，四周綠樹環抱，春季時櫻花爛漫，是京都的賞櫻名所之一，秋季時紅楓颯爽，又是賞楓勝地。

　　清水寺的茶藝名列京都之首。

　　知恩院

　　位于東山區，由法然上人于1175年始創的凈土宗的總本山。在京都的寺院中規模最大，院內有日本最大的大門，還有日本最大的巨鐘。

　　醍醐寺

　　位于伏見區，為真言宗醍醐派的總本山，847年由理源大師創建。寺內的五重塔是京都最古老的建筑之一。醍醐寺山門右手的叁寶院,規模宏大，是代表豐臣秀吉桃山時代的重要寶藏。豐臣秀吉鼎盛時期在此舉辦盛大的“醍醐賞花”會，盡顯登峰造極之勢，醍醐寺也因此天下聞名,成為賞櫻圣地。

　　教王護國寺

　　位于南區，因該寺為東寺真言宗的總本山，故俗稱“東寺”。寺內有高達57米的五重塔是日本最大的佛塔，還收藏有平安時代以來的各種珍貴文物。

　　妙心寺

　　位于右京區，位臨濟宗妙心寺派的總本山，山號正法山。1337年由花園太上皇將自己的離宮改建為禪院，是典型的禪宗寺院建筑，被京都市民稱之為西之御所。40萬平方米的寺內建有七堂迦藍，在日本僅此一寺。國寶梵鐘也是日本最為古老的。

　　廣隆寺

　　位于右京區。622年奉圣德太子之命而建，為真言宗的總本山。因該寺為飛鳥時代最為杰出的寺院建筑而被指定為日本第一號國寶。寺內安放著彌勒菩薩半跏思惟像。

　　三十三間堂

　　正式的名稱是華蓮王院。位于東山區。始建于1164年，1266年再建，寺名由支撐寺廟的33根柱子之間的柱房而來，里面安置了1001尊木制千手觀音像，京都最精彩的寺院建筑。

奈良地區著名寺院

　　興福寺

　　為“南都七大寺”之一法相宗的總本山。710年作為藤原家的家寺遷到現在的寺址。經數度火災，原寺的建筑及器物已十不存一?，F寺內仍有東金堂、五重塔和三重塔等不少國寶。

　　東大寺

　　為“南都七大寺”另一大派別華嚴宗的總本山，也是日本屈指可數的大寺院之一。752年由圣德太子創建。寺內有三月堂、南大門、金堂，還有專門用來收藏古代美術品、工藝品的正倉院和高達14.8米的盧舍那佛坐像(俗稱“奈良大佛”)。

　　唐招提寺

　　是由中國唐代高僧鑒真大和尚于759年開山建立的巨剎，為律宗的總本山。該寺摹仿了中國寺院的建筑格式和布局，寺中處處可以看到中國文化的影響。金堂中供奉的眾多的佛像和鑒真坐像是天平時代的精品。

　　藥師寺

　　為“南都七大寺”之一法相宗的本山。680年奉天武天皇之命建立?，F存寺內的藥師三尊像和吉祥天畫像是日本佛教美術的最高杰作。

　　法隆寺

　　位于奈良縣斑鳩町，故俗稱“斑鳩寺”。據傳為圣德太子于607年創立，為“南山七大寺”之一圣德宗的總本山。金堂、五重塔、中門和回廊的一部分是現存世界上最古老的木造建筑物，因此被指定為世界文化遺產。

鐮倉地區著名寺院

　　瑞泉寺

　　最初為夢窗國師于1327年創立的臨濟宗建長寺派的寺院，后成為鐮倉御所足利的墓地。寺境面積16萬平方米，為鐮倉最大。寺內的水仙和梅花非常有名。

　　高德院

　　境內有一座銅制阿彌陀佛坐像，俗稱鐮倉大佛。像高11.39米，加上蓮花座大13.4米。重121噸，是1252年鑄造的，現在成了古都鐮倉的象征。

　　海光山慈照院

　　俗稱“長谷寺”，為736年建立的凈土宗的名剎。寺中由一根巨木雕成的十一面觀音立像高達9.2米，是奈良時代的作品。該寺建在半山，可遠眺比濱和葉山海岸風景。

其他寺院

　　除了三大古都以外，東京的淺草寺和巖手縣平泉町的中尊寺也是非常有名的寺院。

　　淺草寺

　　創建于628年，為圣觀音宗的總本山?！皽\草”本為藏語音譯，意為“圣觀音居住的地方”。該寺祀奉的圣觀世音菩薩也稱“淺草觀音”。山門上掛著的大紅燈籠和寺前的商業街充滿了江戶情調，成了外國游客必去的地方。

　　中尊寺

　　該寺是由慈覺大師于850年開山的天臺宗寺院，是古奧州藤原文化的最大古跡。寺內有藏著藤原三代木乃伊的金色堂。堂中遍張金箔，光彩奪目，原為收藏“一切經”等佛典而建。該寺被稱為平安時代工藝美術品的寶庫。