大報恩寺位于南京市秦淮區中華門外，是中國歷史上最為悠久的佛教寺廟，其前身是東吳赤烏年間（238─250年）建造的建初寺及阿育王塔，是繼洛陽白馬寺之后中國的第二座寺廟，也是中國南方建立的第一座佛寺，中國的佛教中心，與靈谷寺、天界寺并稱為金陵三大寺，下轄百寺。

　　大報恩寺是明成祖朱棣為紀念明太祖朱元璋和馬皇后而建，明永樂十年（1412年）于建初寺原址重建，歷時達19年，耗費248.5萬兩白銀，十萬軍役、民夫。大報恩寺施工極其考究，完全按照皇宮的標準來營建，金碧輝煌，晝夜通明。整個寺院規模極其宏大，有殿閣30多座、僧院148間、廊房118間、經房38間，是中國歷史上規模最大、規格最高的寺院，為百寺之首。

　　大報恩寺琉璃寶塔高達78.2米，通體用琉璃燒制，塔內外置長明燈一百四十六盞，自建成至衰毀一直是中國最高的建筑，也是世界建筑史上的奇跡，位列中世紀世界七大奇跡，被當時西方人視為代表中國的標志性建筑，有“中國之大古董，永樂之大窯器”之譽，被稱為“天下第一塔”。

　　從2007年初至2010年，南京市博物館考古部對南京大報恩寺遺址進行了全面、系統的考古發掘，先后發現并清理了屬于明代大報恩寺的香水河橋，中軸線主干道、天王殿、大殿、觀音殿、法堂，以及始建于北宋大中祥符四年（1011年）的長干寺真身塔地宮和北側的畫廊基礎等重要遺跡，出土了以七寶阿育王塔、金棺銀槨為代表的一大批珍貴文物，獲得了極為重要的考古收獲。截至2010年中，油庫、畫廊、伽藍殿等建筑遺跡仍在清理發掘之中。

　　大報恩寺的南區與北區的建筑格局完全不同，它不是按照中軸線一字排開，而是分成四個相對獨立的院落，分別承擔不同的功能。其西部是貯藏經書、經板的場所，名為藏經殿，收藏了全套《永樂南藏》的大藏經板。中部分布了兩個院落，偏北的院落是寺院管理機構的所在地，主要包括了方丈室、庫房等。偏南的院落名為三藏殿，是僧人習法、參禪的地方。供奉玄奘法師頂骨舍利的三藏塔即位于這一區域。最東部名為“旃檀林”，是僧人就餐、休息的場所。

　　在大報恩寺中，琉璃塔是最著名的單體建筑，它九級八面，高達78米，是當時全國最高的建筑，而且遍體以五彩琉璃為裝飾，有“天下第一塔”的美譽。

　　基于文物保護最小干擾與可識別原則，現在遺址公園中備受矚目的琉璃寶塔沒有按照歷史原樣復建，而是以輕質鋼架玻璃保護塔的形式重現，在完整保護遺址的前提下賦予其象征意義與內涵，留給每個人對于這已逝的宏構和盛景無限的想象。