薩迦寺始建于公元1268年，當年八思巴委托薩迦本欽釋迦桑布主持興建，后經歷代擴建整修，總面積達14700余平方米。薩迦寺現在所見建筑為公元1948年全面維修時的面貌，在布局和風格上仍然比較忠實地保存了原有建筑的風貌。整座建筑坐西朝東，樓高三層，平面呈四方形壇城模式。由拉康欽莫大殿、拉康喇章、僧舍和城墻及其瞭望樓等建筑單元組成，整個建筑形成了井然有序、結構精密的密宗壇城。

　　進入薩迦寺，穿過東面門廊，也就是拉康欽莫大殿正門，就來到中心具有四合院格調的天井庭院，由此可以順利進入拉康欽莫大殿的各個佛殿。拉康欽莫大殿是薩迦龐大壇城迷宮的中心，主體建筑東西長79.8米、南北寬84.8米、高24.3米。殿堂墻體十分敦厚，墻面涂有象征薩迦標志的紅、白、青三色，飾有法輪、金鹿、海螺、圓鏡和六字真言等圖案，墻體頂部裝飾著漢式木制斗拱和藏式白瑪草，中心天井四周墻體頂部也運用了大量裝飾性斗拱。大殿四周建有僧舍、具有宮殿建筑風格的拉康喇章建筑和其他附屬建筑。

　　大經堂位于庭院正西，總面積5775平方米，正殿由40根巨大的木柱支撐直通房頂，最粗的木柱直徑約1.5米，細的約1米左右。其中前排中間的四根柱子，被稱為四大名柱，即“元朝皇帝柱”（也稱“忽必烈柱”，據傳為忽必烈所賜）、“猛虎柱”（相傳此柱由一猛虎負載而來）、“野牛柱”（相傳此柱為一野牦牛用角頂載而來）、“黑血柱”（相傳是海神送來的流血之柱）。正殿高約10米，大廳可容納數百名僧人誦經。

　　大經堂的正中法座上有一個木龕，木龕里供奉著薩迦寺的鎮寺之寶——白海螺。據說，該白海螺是當年忽必烈送給八思巴的，是薩迦寺最神圣的宗教圣物。白海螺吹響后具有不可思議的功德，有緣親耳聆聽白海螺法號的人，可以得到無上的加持和福報，寺中僧人視其勝于生命，只有宗教吉日才開啟龕中木匣，捧出海螺由喇嘛吹奏。大經堂里供奉著不同時期的佛教造像，很多是元、明以來的珍貴文物。據不完全統計，薩迦寺各種佛像約有兩萬多尊，其中鑄有“大明永樂年施”款識的銅佛有數十尊。

　　大經堂正西佛像墻后，有一處堪稱世界文化奇觀的所在，這就是令人嘆為觀止的經書墻，薩迦經書墻不僅是薩迦寺的偉大杰作，而且也是全人類稀有的珍貴寶藏。經書墻的長度和高度幾乎同大經堂的面闊和高度相同，長約60余米、高近7米，布局呈“凹”字形狀，從下到上沿墻壁橫隔為8個單元，從左到右豎隔為50余個單元，形成了一個巨型的書架。經書均為梵夾裝，規格大小不等，最大的為“駿馬馱”、“牦牛馱”和“犏牛馱”等，每部經書長約1.5米左右，高約50厘米，寬約30厘米左右，因其部頭巨大、沉重，人力無法承重，需用良馬、牦牛或犏牛等馱畜搬運而命名。經書墻中的世界之最是名為“八千頌鐵環本”的經書，長1.31米，寬1.12米。經板上系有4只鐵環，需由四位壯漢同時使力，才能搬動。經書墻每格書架上的藏經因部頭大小不等而數量不同，整個經墻藏書數萬部，其內容涉及藏族政治、社會、歷史、法律、宗教、天文、歷算、醫學等人文和自然學科的方方面面。

　　銀塔殿位于拉康欽莫大殿中心天井的北側，殿內安奉著11座薩迦法王靈塔。據傳這些靈塔均出自北寺，后被移至南寺供奉。薩迦法王靈塔前還供奉著一些小神像和財神像，這些神像也都是在薩迦北寺出土的。銀塔殿內四壁繪有大幅壁畫，其中南側的壁畫形象記錄了薩迦歷史上的一些重要事件。

　　普巴殿位于拉康欽莫大殿中心天井的南側，是修持普巴金剛的殿堂。大殿內供有薩迦班智達、八思巴、文殊、釋迦牟尼和無量壽佛等銅質鎏金佛像，四壁繪滿了諸佛、菩薩和護法單尊畫像。普巴殿是薩迦傳統法會普巴金剛法會和大黑天法會的主殿，每逢法會期間，普巴殿內都要懸掛與法會儀軌相關的珍藏唐卡。

　　八思巴殿位于拉康欽莫大殿的南側，是薩迦五祖八思巴居住和圓寂的宮殿，還曾是薩迦高級佛學院的學堂。八思巴殿興建于元代，經歷代維修形成目前的規模。大殿內供奉著許多佛像，大多是明清時代的珍品。八思巴殿的壁畫在“文革”中被毀，現有的壁畫是改革開放后重新繪制的。八思巴殿中最重要的寶物就是一尊鎏金綠度母，是薩迦寺奇寶之一。

　　八思巴大殿的北側是怙法殿，怙法殿供奉著用于薩迦冬季法會的各種怙法，如吉祥天母、障面、四面怙主、野牦牛怙主等。每逢藏歷十一月，這些怙法將在冬季大黑天法會上參與神舞表演。藏歷七月，這些怙法也會被迎請到普巴金剛殿供奉。

　　進入薩迦寺第二層的通道位于大殿門廊的南側，沿通道的42級臺階而上，即可到達二層的回廊。若從一層中心天井東側的大門進入，即可抵達二層的平措宮殿。

　　1265年八思巴回薩迦時，建立了一個“喇讓”，專門管理他的私人財物和有關事宜。“喇讓”原指宗教領袖的公館，后演變為宗教領袖辦理政教事務的機構。傳至14世紀，昆氏家族分為４個“喇讓”：細脫喇讓、拉康喇讓、仁欽崗喇讓和都卻喇讓。“喇讓”以父子相承，而薩迦法王則由這４個“喇讓”輪流繼任。至15世紀時，薩迦四大喇讓中有三個絕嗣，僅存都卻喇讓的兩兄弟，分別建立平措頗章和卓瑪頗章。薩迦法王則由這兩房中的長子輪流擔任。平措宮殿四壁繪制著長壽三尊佛，殿內供奉著數代薩迦法王的靈塔和裝有法王圣物的佛像。

　　平措宮殿的對面就是古老的藏書室。這里珍藏著大量佛經和歷代祖師的著作，這些圖書大多是手抄本，已有600-700年的歷史。這里的每冊書都有明確的編號，書架西側的圖書有道果法教義，東側有薩迦五祖和薩迦法脈傳承的傳記等。

　　藏書室西側就是薩迦文物室。文物室里藏有被稱為稀世之寶的梵文貝葉佛經8部，主要為《八千頌般若波羅蜜多經》，形制均為長方形，最大的長約61厘米、寬6厘米；最小的長19.3厘米、寬5.5厘米。護經板上均刻有精美的淺浮雕植物紋樣和色彩明麗、造型傳神的諸佛、菩薩、護法神形象。

　　回廊殿位于二樓平臺西側和南側的回廊上。在回廊的墻壁上繪有大小壇城壁畫共63鋪，其中大壇城20鋪，位于壁畫中心，均為巨制宏幅，直徑最大的約有2.7米左右，而小壇城則纖小精致，直徑大約只有0.6米左右，分別位于大壇城的四個角上。為防止壁畫漫漶和強光照射，壇城墻已經被文物部門用木板封閉。

　　薩迦寺主體建筑第三層為千佛墻。所謂千佛墻就是沿大殿屋頂一周的墻壁上繪有上千尊佛像。這些壁畫歷經歲月和風雨的侵蝕，大多已經漫漶。在最近幾年政府大規模維修薩迦寺時，千佛墻上的很多壁畫被重新涂彩，煥然一新的千佛墻雖然光鮮奪目，但還是缺少了薩迦特有的那份古韻。